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【第一話】遥か太古に地球を我が物にしようとし、神の力によって海に沈められたとする古代文明。一ノ瀬健一郎は、そのジャムー帝國が近い将来復活し、人類を滅ぼすと学会で訴え続けていた。しかし、その主張は相手にされず学会を追われてしまう。そんな時、健一郎の発表を信じる一人の女性が現れる。その女性は後に健一郎と結ばれる蛍子であった。ジャムー帝國の復活を阻止する為、二人は協力し合いマグナシステムの開発を進めていった。一方、ジャムー帝國復活のカギを握る女王ハイドラは、神が複数地球上に分散させた、帝王ジャムーの魂、ソウルクリスタルの回収を急ぐ！それから時が流れ、健一郎の娘である明菜がマグナシステムを使いマグナアクアとなり戦いを繰り広げていた。【第二話】健一郎の開発したマグナシステムを使いこなした光流。マグナフレアそして明菜と合体し、マグナイザー1となりハイドラが創り出したキャンサーを倒す事に成功する。幼少の時からマグナシステムの訓練を受けてきた明菜にとって、義理の妹である光流の存在は嬉しくもあり自分自身がマグナイザー1になる事が出来ないジレンマに駆り立てられていた。そして光流は、母親である蛍子が亡くなり何故に健一郎のもとに来たのかを知る。自分の存在価値に疑問を感じた明菜の前にハイドラが創り出した第二の敵が現れる。明菜は「これが最後の戦い」と心で呟き戦う事を決意するが…。
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